ยุคปลายของอาณาจักร เริ่มตั้งแต่ 1075 - 332ปี ก่อน ค.ศ. ราชวงศ์ที่ยี่สิบเอ็ดถึงสามสิบเอ็ด ยุคนี้อียิปต์ถูกปกครองโดยชาวต่างชาติ ตั้งแต่พวกลิเบีย นูเบีย และพวกเปอร์เซีย ปีที่ 332 ก่อนคริสตกาล อียิปต์ถูกปกครองโดยราชวงศ์ปโตเลมี อดีตขุนศึกของพระเจ้าอเล็กซานเดอร์มหาราช จนมาถึงความพ่ายแพ้ของพระนางคลีโอพัตราที่แอคติอุม (Actium) ในราว ก่อน คริสตกาล อียิปต์ก็สิ้นสุดความเป็นอาณาจักรโดยสิ้นเชิง

ปลายยุคก่อนราชวงศ์ (3100 ปี ก่อนค.ศ.) เป็นยุคที่ยังไม่ได้ตั้งเป็นอาณาจักร

เริ่มแรกย้อนไปเมื่อราว หนึ่งหมื่นปีก่อน ทะเลทรายซาฮารายังเป็นดินแดนที่อุดมสมบูรณ์ เต็มไปด้วยสัตว์ป่าและพืชพรรณนานาชนิด ในท้องทุ่งอุดมไปด้วยสัตว์ป่าอย่างช้างและแอนทีโลป มนุษย์ที่ตั้งถิ่นฐานอยู่ที่นี่ในช่วงแรกดำรงชีวิตโดยการล่าสัตว์ และทำปศุสัตว์จวบจนกระทั่งเมื่อราวเจ็ดพันปีก่อนการเปลี่ยนแปลงของสภาพอากาศ ทำให้ซาฮารา ค่อยๆแห้งแล้ง และกลายเป็นทะเลทรายในท้ายที่สุดก็เหลือแต่เพียงพื้นที่ริมสองฝั่งแม่น้ำไนล์เท่านั้นที่ยังคงความสมบูรณ์อยู่ และเนื่องจากทุกปีแม่น้ำไนล์จะพัดเอา ตะกอนหน้าดินมาถมฝั่ง ทำให้พื้นดินแห่งนี้มีความอุดม สมบูรณ์เหมาะแก่การเพาะปลูก ผู้คนเริ่มอพยพจากพื้นที่รอบนอกเข้ามาจับจองพื้นที่ริมฝั่งแม่น้ำและเริ่มมีการเพาะปลูกขึ้น เผ่าชนเหล่านี้มาอาศัย รวมกันตามริมฝั่งแม่น้ำไนล์และแบ่งเป็นกลุ่มต่างๆ เรียกว่าโนมส์

ในแต่ละโนมส์จะปกครองโดยกลุ่มนักบวชซึ่งพัฒนามาจากหมอผีในสมัยหินใหม่ ต่อมาความจำเป็นในการเพาะปลูกและเลี้ยงสัตว์ทำให้ต้องมีการจัดระบบชลประทานขึ้น หัวหน้ากรรมกรผู้ควบคุมการ ชลประทานเหล่านี้ได้ถูกยกย่องให้เป็นหัวหน้านักรบของโนมส์ เมื่อขนาดของชุมชนใหญ่ขึ้นเรื่อยๆก็มีการพัฒนาเป็นนครรัฐขนาดเล็กกระจัดกระจายตาม ริมฝั่งแม่น้ำดินแดนของแม่น้ำไนล์ถูกแบ่งตามสภาพภูมิศาสตร์เป็น อียิปต์บนและอียิปต์ล่าง 
ดินแดนของแม่น้ำไนล์ถูกแบ่งตามสภาพภูมิศาสตร์เป็น อียิปต์บนและอียิปต์ล่าง เนื่องจากแม่น้ำไนล์ไหลจากทางใต้ขึ้นสู่ทางเหนือ ดังนั้นอียิปต์บนจะตั้งอยู่ทางตอนใต้ของแม่น้ำไนล์อันเป็นทิศที่แม่น้ำไหลมาพื้นที่ส่วนนี้มี ทุ่งหญ้าและเขตป่าละเมาะที่เหมาะแก่การล่าสัตว์และทำปศุสัตว์ ส่วนอียิปต์ล่างจะตั้งบริเวณทิศเหนือซึ่งเป็นจุดที่แม่น้ำไหลลงทะเลและมีพื้นที่ดินดอนสามเหลี่ยมปากแม่น้ำ ที่สมบูรณ์เหมาะแก่การเพาะปลูกในช่วงเวลานั้นอียิปต์ล่างมีเมืองการค้าและศูนย์กลางที่สำคัญชื่อว่า บูโท ส่วนทางอียิปต์บนพลเมืองจะอาศัยอยู่หนาแน่นบริเวณเมืองนากาดา และเฮียราคอนโพลิส ในราวสี่พันปีก่อนคริสตกาลชาวอียิปต์เริ่มพัฒนารูปแบบอักษรจากรูปภาพ และกลายเป็นอักษรเฮียโรกลิฟฟิคในเวลาต่อมา